海洋生物や海洋環境を含めた水産科学の分野の高度な教育を学生に提供し、広範な分野にわたった活発な研究活動を維持することが水産学部の目的です。この目的を達成するため55名の教員と41名の技術職員・事務職員が496名の学部学生の教育に協力して当たっています。1学年の定員は110名、その中で34名が大学院へ進学しています。水産学部は、学生の資質及び興味に対応するため4種類のカリキュラムを提供しています。それぞれを履修コースと呼んでいますが、いずれも4年次には卒業研究が必修となっており各人がそれぞれ指導教員のもとで世界の最先端の研究を目指し活発な研究活動を行います。また、本学部の教育は長崎大学水産学（技術者教育）プログラムとして実施されており、平成15年度から農学一般分野ではじめて日本技術者教育認定機構（JABEE）の認定を受けています。