長崎大学水産学部には2隻の練習船があり、日本近海から沖合にいたる広い海域での実習教育と調査研究を行っています。
長崎丸（ながさきまる）
- 総トン数：1131トン
- 全長：68.93m
- 航海速力：13.5ノット
- 最大搭載人員： 乗組員 25名，学生・教員 45名
- 主な調査・観測機器： トロール漁労設備，まき曳網漁労設備，底延縄漁労設備，自動イカ釣り機，CTD，多層式超音波流向流速計，多段開閉ネット， GPSブイ位置情報送受信機，表層環境モニタリングシステム，採泥器，各種採集ネット，計量魚群探知機，マルチビーム測深機， カラースキャニングソナー，水中カメラロボットなど
- 「東シナ海の水産・海洋科学をリードする国際洋上キャンパス」というコンセプトのもと、2018年に建造された最新鋭の漁業練習船です。 主に沖合域で教育・調査研究を実施するとともに、水産専攻科予備教育（海技士の資格取得のための予備教育）を行っています。 文部科学省から教育関係共同利用拠点にも認定されています。
鶴洋丸（かくようまる）
- 総トン数：155トン
- 全長：42.79m
- 航海速力：15.0ノット
- 最大搭載人員： 乗組員 16名・教員 20名
- 主な調査・観測機器： CTD，多層式超音波流向流速計，多段開閉ネット，GPSブイ位置情報送受信機，表層環境モニタリングシステム， 採泥器，各種採集ネット，カラースキャニングソナー，超音波波高計，水中カメラロボットなど
- アルミ合金製で船体の軽量化を図り、高速エンジン2基を搭載した機動性の高い漁業練習船です。 主に長崎沿岸域で乗船実習教育・調査研究を実施します。
